Em 1648, houve os primeiros contatos dos colonizadores com indígenas de Jaçanaú, Mucunã e Cágado.
A partir de 1870, o povoamento cresceu em torno inicialmente da lagoa de Maracanaú e depois das lagoas de Jaçanaú e Pajuçara, fazendo com que os nativos perdessem o controle da então chamada Aldeia Nova.

Com a inauguração da linha férrea, em Maranguape, no ano de 1875, houve uma luta para estendê-la até o povoado.
O povoado tornou-se Vila do Santo Antonio do Pitaguary em 6 de maio de 1882.

Maracanaú tornou-se distrito de Maranguape em 1906.

Maranguape conquistou o Distrito Rodolfo Teófilo (Pajuçara), que pertencia a Fortaleza, em 1938. O território passaria a integrar a cidade de Maracanaú com a emancipação que estaria por vir.

O movimento de emancipação começou em 1953, com os tenentes Mário de Paula Lima e Raimundo de Paula Lima.

Uma tentativa bem-sucedida de emancipação ocorreu em 1962, tendo à frente o Padre José Holanda do Vale. No entanto, a emancipação durou pouco. O Golpe Militar de 1964 acabou com todos os municípios criados em 1962.

Mais uma tentativa frustrada de emancipação teve à frente o então vice-prefeito de Maranguape, Almir Dutra.

A quarta tentativa de emancipação foi em 1981 com o “Movimento de Integração e Desenvolvimento de Maracanaú” o MIDEMA, fundado por jovens lideranças do Distrito, participaram ainda dois outros movimentos, o FAPEMA e o CODIM.

Maracanaú foi finalmente emancipado em 06 de março de 1983 e em 4 de julho de 1983, foi assinada a Lei Estadual Nº  10.811.

A primeira eleição municipal foi em 16 de dezembro de 1984, elegendo Almir Freitas Dutra. O adversário foi o Vereador e Comerciante Paulo Alexandre.

O Prefeito Almir Dutra foi assassinado em 27 de fevereiro de 1987. A prefeitura passa a ser administrada pelo vice-prefeito José Raimundo Menezes de Andrade.
José Raimundo é afastado do cargo. Assumiu o interventor Alfredo Marques, que permaneceu no comando da prefeitura até outubro de 1988, quando é substituído pelo vereador do Distrito da Pajuçara, Anastácio Soares Lima.

Entre os anos de 1989 e 1992, Júlio César Costa Lima esteve à frente da administração de Maracanaú.

Em 1993 assumiu o então eleito Antônio Correia Viana Filho (Vianinha) que renunciou no ano seguinte, ficando a administração sob o comando de Dionísio Brochado Lapa Filho.
Júlio César se apresenta novamente na vida política de Maracanaú como prefeito, permanecendo no cargo por dois mandatos consecutivos, de 1997 a 2004.

Roberto Pessoa vence as eleições de 2004 e vai reeleito em 2008, realizando uma administração transformadora, crescendo o comércio e os serviços e realizando grandes obras.

Em 2012, o Vice-Prefeito Firmo Camurça que ocupou o cargo de 2004-2012 vence as eleições derrotando o Ex-Prefeito Júlio César Costa Lima.
Ao assumir convida diversos emancipadores do município para a administração e valoriza os técnicos locais.